一、PCR儀器之間的差別對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。如前所述，沒有任何兩臺(tái)PCR儀器的溫度控制是一模一樣的。相對(duì)于預(yù)設(shè)的溫度模塊溫度總是偏高或偏低，就是同一模塊不同的孔之間，溫度有時(shí)也會(huì)不一樣，相差可能達(dá)幾攝氏度之多。一些PCR儀溫度控制性能的不足造成的后果是：當(dāng)PCR儀的模塊溫度在升溫時(shí)，溫度過沖或不足，不能準(zhǔn)確的達(dá)到預(yù)設(shè)的平臺(tái)溫度。
二、溫度控制技術(shù)的差別對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。導(dǎo)致PCR儀溫度控制性能優(yōu)劣的因素，首先是溫度控制技術(shù)。調(diào)節(jié)PCR儀模塊的溫度，使其達(dá)到并保持在某一溫度有很多方式。每一種方式都有優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)。另外，這些技術(shù)被運(yùn)用控制的水平對(duì)于溫度控制的水準(zhǔn)是很重要的，且有很大不同。大多數(shù)PCR儀器的溫度控制性能是很差的。在單一或多傳感器控制機(jī)制上的不同顯而易見的引起了溫度的不均一性。
三、儀器老化對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。雖然PCR儀沒有任何的機(jī)械或可移動(dòng)部件，但是那并不意味著它不會(huì)磨損。電子器件的性能會(huì)隨著時(shí)間的延長而老化，并由于過度的使用而加速老化。Peltier器件的失效或磨損會(huì)引起模塊的熱斑或冷斑，通常PCR儀器不能識(shí)別這種由于機(jī)械磨損，模塊延展和收縮效應(yīng)引起的溫控性能的不同。因此，為掌握這些情況，實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)PCR儀的溫度控制性能是重要的。出于同樣的原因，PCR儀溫控性能的失常通常是實(shí)驗(yàn)失敗或毀壞循環(huán)反應(yīng)的重要原因。
四、外部因素對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。不同PCR儀品牌與型號(hào)在溫度控制性能上的不同直接影響了三種溫度平臺(tái)的溫度的準(zhǔn)確性和不均一性，因而影響了整個(gè)PCR反應(yīng)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。另外，升溫速度的不同，溫度下降梯度的不均一性，溫度過低，溫度過沖，也是重要的因素。zui差的情況，一個(gè)本該陽性的結(jié)果卻可能得出陰性的結(jié)果。對(duì)于實(shí)時(shí)PCR，熒光信號(hào)輸出和產(chǎn)量/溶解曲線，直接與溫度控制有關(guān)系，而這些結(jié)果很可能是戲劇性的。
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